Prima che venisse eretta la Chiesa attuale, intorno all’anno 600 l’Abate Sant’Antonino fondò un oratorio dedicato a San Martino Vescovo di Tours a picco sul mare. Nel XIV secolo i frati francescani promossero la costruzione della Chiesa, in seguito modificata in stile barocco. L’antico chiostro benedettino venne rifatto dai Conventuali con arcate ogivali intrecciate su pilastri ottagonali.
La chiesa francescana, che si era arricchita nel 1550 di un prezioso coro ligneo andato perduto, venne modificata completamente  tra il 1690 e il 1727 e conserva l’impianto realizzato in quell’epoca. La facciata è in marmo bianco, costruita nel 1926 in occasione del settimo centenario della morte di San Francesco.
Sull’altare maggiore, in una monumentale incorniciatura marmorea, è la tela con San Francesco che riceve le stimmate del 1735. Sul primo altare destro vi è una scultura lignea anch’essa raffigurante San Francesco donata nel 1663 dalla famiglia Vulcano.